La pratica di Ajapa Japa è antica quanto le Upanishad. In Yogashiksha, una delle yoga Upanishad, si trova scritto che il respiro entra con il suono di So ed esce con il suono di Ham. Quando la ripetizione del mantra diventa automatica, priva di sforzo, diventa Ajapa. La pratica di Ajapa Japa prevede alcuni aspetti fondamentali: respiro regolare e profondo, rilassamento, totale consapevolezza e ripetizione del mantra. Durante la pratica la consapevolezza va mantenuta continua e ininterrotta: non un solo respiro dovrebbe passare inosservato.
Non ci deve essere respirazione automatica, ma una consapevolezza continua di ogni espirazione e inspirazione mantenendo l’atteggiamento dell’osservatore che segue ininterrottamente il ritmo del respiro. La consapevolezza deve fondersi con il respiro e la ripetizione del mantra. Molte ricerche hanno studiato gli effetti di questa pratica sul cervello e sulla mente. Il respiro viene considerato come lo specchio dei nostri stati mentali. Quando siamo rilassati e tranquilli il ritmo del respiro diminuisce e diventa più dolce. Quando siamo stressati il respiro diventa più corto, ha sussulti e ciò influenza il sistema nervoso autonomo. La semplice osservazione del respiro combinata con la ripetizione del mantra diventa uno strumento efficace per la gestione dello stress mentale ed emozionale.